باشگاه بایرن مونیخ در سال ۱۹۰۰ در شهر مونیخ پایتخت ایالت باواریا به رهبری فرانتس جان تاسیس شد . در مدت چند ماه موفق شد که در برابر تمام رقبای محلی پیروزی به دست بیاورد و به نیمه نهایی رقابتهای قهرمانی جنوب آلمان راه پیدا کند در سال ۱۹۰۷ شیرازه یك تیم واقعی شكل گرفت و بایرن مونیخ به زمین اختصاصی خود در مونیخ و در خیابان لئوپولد رفت و تیم رقیب محلی یعنی اف ث واكر را در روز افتتاحیه هشت بر یک شکست داد. بایرن مونیخ در سطح شهر مونیخ به یك تیم پرطرفدار تبدیل شد و در سال ۱۹۱۰ قهرمان منطقه شرق آلمان شد. در سال پس از آن نیز بایرنی ها بدون شکست از عنوان خود دفاع کردند.
در سالهای پس از جنگ جهانی اول، بایرن چند عنوان محلی دیگر را کسب کرد و در سال ۱۹۲۶ موفق شد رقابتهای قهرمانی جنوب آلمان را فتح کند،این دستاور دو سال بعد نیز تکرار شد بایرن مونیخ در سال ۱۹۳۲ نخستین قهرمانی اش در آلمان را جشن گرفت، آنها در فینال مسابقات قهرمانی کشور آن سال موفق شدند اینتراخت فرانکفورت را با نتیجه 2-0 شکست دهند و قهرمان آلمان شوند.با ظهور حزب نازی توسعه بایرن مونیخ متوقف شد، رئیس باشگاه وسرمربی تیم که هر دو یهودی بودند از کشور خارج شدند وبسیاری دیگر از اعضای باشگاه نیز پاکسازی شدند و بایرن مجددا به یک باشگاه فوتبال آماتوری تبدیل شد،در سالهای پس از این اتفاقات بایرن هرگز در سطح ملی مدعی نبود و رتبه های میانه جدول لیگ محلی را کسب میکرد.
پس از جنگ جهانی دوم ، بایرن مونیخ یکی از اعضای ((اوبر لیگای جنوبی)) (لیگ محلی دسته اول جنوب آلمان) شد،در سال ۱۹۵۵ آنها با کسب نتایج ضعیف به لیگ پایینتر سقوط کردند اما یک سال بعد موفق شدند به اوبرلیگای جنوبی بازگردند و سال ۱۹۵۷ نیزموفق شدند برای اولین بار قهرمان جام حذفی فوتبال آلمان بشوند
در سال ۱۹۶۳ لیگ ملی ِ بوندسلیگا تشکیل شد و قرار شد پنج تیم از اوبرلیگای جنوبی در آن شرکت کنند،با این که بایرن مونیخ عنوان سوم لیگ محلی را کسب کرده بود اما تیم دیگر شهر مونیخ، یعنی باشگاه فوتبال مونیخ ۱۸۶۰ عنوان قهرمانی را به دست آورده بود و فدراسیون فوتبال آلمان ترجیح داد دو تیم از یک شهر در بوندس لیگا شرکت نکنند و بنا بر این بایرن مونیخ برای بوندس لیگا انتخاب نشد بایرنی ها دو سال بعد یعنی در سال ۱۹۶۵ با یک تیم جوان شامل استعدادهایی مثل فرانس بکنباوئر ، گرد مولر و سپ مایر به بوندس لیگا راه یافتند این دوران تازۀ بایرن مونیخ با نام فرانس بکنباوئر عجین بود . البته بازیكنان بزرگ دیگری مثل گرد مولر و سپ مایر و اولی هوینس نیز در او را یاری می دادند ولی هسته مركزی تفكر و راهبردی بایرن مونیخ او بود.
- سال های ۷۹–۱۹۶۵ (دوره طلایی)
بایرن مونیخ اولین فصل حضورش در بوندسلیگا را با رتبه سوم به پایان رساند و در همان فصل نخست (۶۶–۱۹۶۵) موفق شد جام حذفی فوتبال آلمان را نیز فتح کند، سال بعد یعنی فصل ۶۷-۱۹۶۶ آنها در یک فینال دراماتیک با پیروزی مقابل باشگاه فوتبال رنجرز اسکاتلند در وقت اضافه قهرمان جام در جام اروپا شدند و این اولین افتخار قاره ای آنها بود، بایرن مونیخی ها سالهای ۱۹۶۷ جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کردند و سال ۱۹۶۹ موفق شدند برای اولین بار به طور همزمان قهرمان بوندس لیگا و جام حذفی فوتبال آلمان بشوند آنها با اختلاف هشت امتیاز نسبت به آلمانیا آخن به مقام قهرمانی بوندسلیگا رسیدند و در دیدار نهایی جام حذفی نیز شالکه ۰۴را شكست دادند
در سال ۱۹۷۰ اودو لاتیک ، سرمربی گری بایرن مونیخ را بر عهده گرفت و در اولین فصل موفق شد جام حذفی فوتبال آلمان را برای بایرن مونیخ به ارمغان بیاورد، پس از آن در سالهای ۱۹۷۲، ۱۹۷۳ و ۱۹۷۴ موفق شد سه بار پیاپی با بایرن مونیخ فاتح بوندس لیگا شود سال ۱۹۷۴ بایرن مونیخ برای اولین بار همراه باشگاه فوتبال اتلتیکو مادرید به فینال جام باشگاه های اروپا رسید،در تاریخ ۱۵ مه ۱۹۷۴ مسابقه فینال با با نتیجه ۱ بر ۱ به پایان رسید،اما در بازی تکراری بایرن مونیخ موفق شد با نتیجه ۴ بر صفر پیروز شود و برای اولین بار فاتح جام باشگاههای اروپا شود آنها یک سال بعد نیز به فینال رسیدند و با غلبه بر باشگاه فوتبال لیدز یونایتد موفق شدند برای دومین بار پیاپی قهرمان جام باشگاه های اروپا شوند، سال ۱۹۷۶ برای سومین بار و این بار با پیروزی مقابل باشگاه فوتبال سناتین قهرمان جام باشگاههای اروپا شدند بایرن مونیخ در پاییز ۱۹۷۶ به عنوان قهرمان اروپا به جام بینقارهای راه یافت و موفق شد در مجموع دو بازی رفت و برگشت با دو گل کروزیروی برزیل را شکست دهد و جام بین قاره ای را نیز به افتخاراتش اضافه کند.
ادامه دهه ۱۹۷۰ برای بایرن مونیخ زمان تغییر بود و پس از قهرمانی جام بین قارهای ۱۹۷۶ هیچ عنوانی در سطح ملی یا بین المللی کسب نکردند،نسل طلایی بایرن کم کم پا به سن میگذاشتند، سال ۱۹۷۷ فرانس بکنباوئر به نیویورک کاسموس پیوست و اواخر دهه ۱۹۷۰ نیز سایر ستارگان این نسل طلایی مانند سپ مایر و گرد مولر و اولی هوینس یا بازنشسته شدند یا سالهای آخر فوتبالشان را در تیمهای دیگری گذراندند.
- سال های ۹۸–۱۹۷۹ (از اف سی برایتنیگه تا اف سی هالیوود)
در خارج از زمین فوتبال، دهه هشتاد برای بایرن مونیخ دوره ای همراه با آشفتگی بود، باشگاه در این سالها تعداد زیادی از پرسنلش را تغییر داده بود و از مشکلات مالی نیز رنج میبرد ، اما در داخل زمین فوتبال درخشش پل برایتنر و رومنیگه باعث شده بود که بایرن مونیخ به اف سی برایتنیگه معروف شود، این دو با درخشش در مسابقات، بایرن را در فتح دو بوندس لیگای ۱۹۸۰ و ۱۹۸۱ یاری کردند بایرنی ها در ادامه ی این دهه در سالهای ۱۹۸۲ و ۱۹۸۴ جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کردند و سال ۱۹۸۵ موفق شدند بوندس لیگا را فتح کنند، فصل ۸۶-۱۹۸۵ برای بایرن فصل خوبی بود و آنها دوگانه فوتبال آلمان (بوندس لیگا و جام حذفی) را فتح کردند،سال ۱۹۸۷ نیز موفق شدند از قهرمانی خود در بوندس لیگا دفاع کنند.
بایرن در این سالها دو بار به فینال جام باشگاههای اروپا راه یافت اما هر دو بار در فینال شکست خورد و چیزی بیش از نایب قهرمانی عایدش نشد،سال ۱۹۸۲ استون ویلا با یک گل بایرن مونیخ را شکست داد و سال ۱۹۸۷ نیز پورتو پرتغال موفق شد بایرن مونیخ را در فینال با نتیجه دو بر یک شکست دهد.
سال ۱۹۸۷ یوپ هاینکس سرمربی بایرن مونیخ شد، بایرن تحت هدایت یوپ هاینکس پس از یک فصل ناکامی موفق شد بوندس لیگا را در دو فصل متوالی (۸۹–۱۹۸۸ و ۹۰–۱۹۸۹ ) فتح کند، بایرنیها پس از فتح بوندسلیگا ۱۹۹۰ مدتی در کسب جام ناکام بودند، اما در ژانویه سال ۱۹۹۴ فرانس بکنباوئر سرمربی تیم شد و بایرن مونیخ را در فتح بوندسلیگای ۹۴-۱۹۹۳ رهبری کرد ، بنا بر این بایرن مونیخ پس از چهار سال ناکامی موفق به کسب جام شد. پس از این قهرمانی، جووانی تراپاتونی و اتو رهاگل هر کدام تقریبا یک فصل سرمربی بایرن مونیخ شدند، در این دوره ستاره های بایرن به جای صفحات ورزشی در صفحات شایعات و حاشیه ای مطبوعات بودند و بنا بر این بایرن مونیخ به اف سی هالیوود مشهور شد.
اواخر فصل ۹۶-۱۹۹۵ فرانس بکنباوئر مجددا سرمربی بایرن مونیخ شد ، بایرن مونیخ موفق شد در این فصل جام یوفا را با درخشش ستارگانی مثل یورگن کلینزمن و مهمت شول و لوتار ماتئوس فتح کند.در فینال آن مسابقات بایرن مونیخ در مجموع دو بازی رفت و برگشت با نتیجه پنج بر یک بوردو فرانسه را شکست داد.
جووانی تراپاتونی از ابتدای فصل ۹۷-۱۹۹۶ مجددا سرمربی بایرن مونیخ شد و در سال اول بوندس لیگا را برای بایرن به ارمغان آورد،در فصل ۹۸-۱۹۹۷ بایرن مونیخ پس از دوازده سال جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کرد اما در رقابت برای فتح بوندس لیگا آن فصل ناکام بود و بوندس لیگای ۹۸-۱۹۹۷ را کایزرسلاوترن فتح کرد و بنا بر این تراپاتونی برای دومین بار بایرن مونیخ را ترک کرد.